MITOCHONDRIAL DNA VARIATION OF CULTURED AND WILD POPULATIONS OF ASIAN SEABASS (Lates calcarifer) IN THAILAND

MITOCHONDRIAL DNA VARIATION OF CULTURED AND WILD POPULATIONS OF ASIAN SEABASS (Lates calcarifer) IN THAILAND

Variasi DNA Mitokhondria dari Ikan kakap Putih Budidaya dan Dari Tangkapan Liar Di Thailand

Yusmansyah¹⁾, Wansuk Senanan²⁾ and Uthairat Na-Nakorn³⁾

¹⁾Advisory Board of Commision IV for Marine and Fisheries Policy, Indonesian Parliament, Jakarta, 12210 Email:yusmansyah@yahoo.com

²⁾ Depart of Aquatic Science, Faculty of Science, Burapha University, Thailand

³⁾Depart of Aquaculture, Faculty of Fisheries, Kasetsart University, Thailand

ABSTRAK

               Kakap Putih (Lates calcarifer Bloch) adalah salah satu ikan ekonomis penting yang benihnya dapat diproduksi Thailand. Data genetik merupakan salah satu aspek penting dalam mengatur pemijahan induk untuk pemuliaan, namun hingga saat ini informasi terkait keragaman genetiknya masih minim. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman dan perbedaan genetik kakap putih pada tiga populasi hatchery dan dua populasi alam  di Thailand dengan menggunakan metode gabungan antara Restriction Fragment Length Polymorphisms dan Polymerase Chain Reaction (PCR-RFLP) pada D-loop control region di DNA mitokondria. Ditemukan tujuh potongan endonuklease dari 268 sampel yang diamati. Populasi alami Chantaburi (CH) memiliki keragaman haplotipe dan nukleotida tertinggi (h = 0.6626, π = 0.0554) dibandingkan populasi lainnya: tiga populasi hatcheri yaitu Rayong (RA), Chonburi (CB) dan Nakhon Si Thammarat (NK) ) (h berkisar antara 0.2709 – 0.3227; πberkisar antara 0.0195 – 0.386) danpopulasi alam Nakhon Si Thammarat (PN) (h = 0.172, π = 0.0091).Mismatch distribution analysis mengungkap kejadian bottleneck pada beberapa generasi sebelumnya di populasi alam PN danseluruh populasi hatcheri. Analysis of Molecular Variance (AMOVA) menunjukkan 88.95% keragamandisebabkanperbedaan dalam populasidan 11.05 % disebabkan perbedaan antar populasi. Perbedaan genetikyang signifikan terdapat pada perbedaan antar populasi alam (Φ_ST = 0.239, P<0.001), namun perbedaan antar populasi hatchery tidak signifikan, menunjukkan terjadi pencampuran genetik sekerabat antar satu dengan hatcheri lainnya. Hal ini karena minimnya masukkan indukan baru dari alam. Kedua hal tersebut dapat menurunkan keragaman dan perbedaan genetik pada setiap populasi hatchery dan antar populasi hatchery. Data awal penelitian ini dapat digunakan untuk pengelolaan induk, upaya pemuliaan dan monitoring genetiknya di Thailand.

Kata kunci: keragaman dan perbedaan genetik, control region, DNA mitokondria,

                    kakap Putih, Lates calcarifer.